一、按气相色谱仪使用说明书的规程操作
这一点主要是针对新购置和安装的仪器，不仅要清点零部件与备件是否齐全，更要检查说明书是否齐全，一定要妥善保管这些资料，以备日后查阅。在独立操作仪器前，一定要认真阅读有关使用说明书，并且严格按规程操作。这是做好仪器分析的前提，而且当仪器出现问题时也方便与厂商沟通。特别是还在保修期的仪器，如果因为操作不当产生的故障或者损坏，厂商可是不会免费维修的，有时这笔费用还是相当客观的。
二、准备一份气相色谱仪色谱柱的测试标样
色谱柱性能是保证分析结果的关键。新购置的色谱柱，首先要用测试样来评价其性能，如果采用色谱柱厂商提供的测试条件而结果不合格时，可以要求退换货，以免造成后续实验的问题。更重要的是，之后使用过程中色谱柱的性能会发生变化，当分析结果出现问题时，可以用测试样测试色谱柱，并与之前结果进行比对，这样有助于问题的排查，以确定问题是否是因为色谱柱造成的。每次测试结果都应该保存起来作为色谱柱的寿命记录。另外，进行一段时间的试验之后，应该对色谱柱进行一次高温老化，以除去柱内可能残留的污染物，然后用测试样再次评价色谱柱。
三、及时更换气相色谱仪毛细管色谱柱密封垫
石墨密封垫漏气是气相色谱常见的故障之一。一定不能在不同的色谱柱上重复使用同一密封垫，即使同一根柱子卸下重新安装时，最好也要更换新的密封垫，这样能保证更高的工作效率。如果装上色谱柱后发现漏气而再更换密封垫则会浪费更多的时间。即使旧的密封垫可以使用，也需要比新的多拧紧些，容易拧断色谱柱。
四、使用纯度符合要求的气体
载气一定要是高纯级的，以避免干扰分析和污染色谱柱或检测器。毕竟色谱柱的价格是高纯氮气或者氦气的十倍以上，如果因为省钱而用普通气体未免有些得不偿失了。检测器的辅助气体最好也用高纯级的。虽然在灵敏度要求不高的时候可以用普通气体，但代价很有可能是造成检测器污染。
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