人体内的氢气是肠道菌群某些成员发酵膳食纤维获取能量时，为了平衡氧化还原反应把失去的电子以氢气的形式释放出来而产生的。如果食物结构合理，菌群结构合理的话，每天可以产生超过15升氢气。氢气溶于水后，的确是非常好的抗氧化剂，可以自由进出细胞，到达细胞内有超氧自由基的部位就会发生抗氧化反应，清除这些自由基。这应该是氢气发挥其“神奇”生物学效应的基本机制。
肠道菌群是当今生命科学的热门领域，人们一般认为肠道菌群的代谢产物存在对健康是有好处的，其实呢肠道细菌产生这些好物质的同时，也会产生氢气和甲烷等气体。
由于肠道内细菌产生最多的气体是氢气，氢气可以继续被细菌利用合成甲烷，氢气和甲烷都可以被肠道吸收进入血液中，血液中的氢气和甲烷主要通过呼吸释放到体外，因此可以通过检测呼吸气中氢气和甲烷的水平来了解肠道菌群的状态，作为诊断疾病的工具。
能大量产生气体的食物往往能产生比较多的氢气，日本、美国学者曾经证明，肠道细菌产生的氢气可以对肝脏损伤产生一定保护作用。所以说，提高肠道产生气体的食物可通过氢气产生对身体的保护效应。
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